智能终端软件安全开发服务认证证书的办理流程如下：
首先，申请者需要向认证机构提交申请，提供相关资料，包括企业基本信息、软件开发能力、安全保障措施等。这一步需要确保所提交的资料真实、完整，因为这是后续流程的基础。
其次，认证机构会对申请者提交的资料进行审核。这个阶段会涉及到对企业的软件开发和安全保障能力的现场审核，以确认企业是否具备相应的能力。审核过程中，认证机构会派遣的审核员进行现场审核，对企业的软件开发流程、安全保障措施等进行全面评估。

如果申请者的资料审核通过，认证机构会安排认证评审。这一阶段会对企业的软件开发和安全保障能力进行更深入的评估，包括对企业的技术研发团队、软件安全测试等方面进行全面考察。同时，认证机构还会对企业的质量管理体系进行评估，以确保企业的软件开发和安全保障能力能够持续、稳定地提供高质量的服务。

后，如果申请者的认证评审也通过，认证机构会颁发智能终端软件安全开发服务认证证书。这一步标志着申请者的软件开发和安全保障能力得到了机构的认可，同时也为申请者提供了向客户证明自身能力的重要依据。

总体来说，办理智能终端软件安全开发服务认证证书的流程是严谨、的，需要申请者具备相应的软件开发和安全保障能力。同时，认证机构也会对申请者进行全面、深入的评估，以确保所颁发的证书具有高度的性和公信力。